2005年3月，学校正式批准成立海洋文化研究所。研究所以海洋文化研究为中心，加强学校海洋文化的教学与研究，促进学校跨学科之间的交流、合作与相互融合；加强校内外海事单位、研究机构及学者间的交流与合作。同时设有上海郑和研究中心（合署办公）、中国航海日文化论坛（合署办公）、徐福文化研究室和海洋信仰与祭海文化研究交流中心。研究所现有教授1人，讲师2人，兼职研究员8人，由时平教授担任所长。
主要研究方向：航海史与航海文化研究，区域海洋文化资源研究，中国海权理论研究，上海海洋文化研究。
学术刊物：《郑和研究动态》，2006年9月创刊（季刊），由公司支持，目前发行海内外13个国家地区，17个省市。2011年开始正式出版《中国航海文化论坛》第一辑（两年刊），收录郑和研究、航海历史与海洋文化等研究成果。同年正式出版《中国民间海洋信仰与祭海文化研究》第一辑（不定期）。编辑出版《郑和研究丛书》，拥有两岸郑和研究资料库和上海海洋文化资料库，并筹建郑和研究网站。
学科建设：开设国际法学硕士培养，研究方向“海权与海洋法”。